Per accertare lo stato di salute di un corso d'acqua, accanto all'analisi chimica, viene sempre più  largamente adottato un metodo che si avvale dell'uso di indicatori biologici.

Gli indicatori biologici sono tutti quegli organismi la cui distribuzione in una data zona è  regolata dalla loro tolleranza o sensibilità  all'inquinamento. Per misurare l'inquinamento delle acque continentali sono particolarmente usati i macroinvertebrati bentonici, facilmente determinabili ad occhio nudo.

Si può  raggruppare la macrofauna degli invertebrati bentonici in tre gruppi di indicatori:

1) Indicatori di acqua pura. Sono le specie più  sensibili all'inquinamento organico e alle sostanze che derivano dal metabolismo batterico. Esempi: larve di effimere, larve di perle, larve di friganee.

2) Indicatori di acque inquinate. Queste specie trovano il loro ambiente ottimale in acque ricche di materia organica. Esempi: larve di Eristalus, vermi tubicoli, alghe azzurre e molti batteri.

3) Specie indifferenti. Queste specie vivono anche nelle acque pure, ma abbondano in acque inquinate, dove trovano una maggiore quantità  di nutrimento e una minore competizione. Esempi: larve di chironomidi, sanguisughe.

Per determinare la qualità  dell'acqua, vengono considerate le specie presenti nell'insieme e si tiene conto dei gruppi assenti.

Uno studio di questo tipo è  stato fatto sulla media valle del Serchio e sui suoi affluenti, ed è risultato che le condizioni ambientali subiscono un progressivo peggioramento  procedendo verso valle, poichè  le sostanze inquinanti si accumulano, la velocità  delle acque diminuiscono e l'insediamento umano (abitazioni e industrie) si intensifica. Si possono riconoscere tre categorie di ambienti:

1) Ambienti ad elevata qualità  biologica: ricchi di specie diverse, che si trovano nei tratti più  alti del Turrite Cava, Corsonna, Ania e Fegana. Questi ambienti dovrebbero essere rigorosamente tutelati.

2) Ambienti a buona qualità  biologica, tuttavia facilmente suscettibili a variazioni. In questi ambienti la diversità delle specie è  abbastanza elevata, ma si riscontrano variazioni in relazione alla presenza di agenti inquinanti, come ad esempio accumuli di alghe verdi dovuti a fenomeni di eutrofizzazione. Fanno parte di questa categoria i tratti terminali del Corsonna e Fegana e la parte iniziale della Lima. Sarebbe essenziale un intervento preventivo di mantenimento e di salvaguardia di questi ambienti per evitarne il degrado.

3) Ambienti a scadente qualità  biologica: poche specie popolano questi ambienti. Fanno parte di questa categoria i tratti terminali del Turrite Cava, dell'Ania, della Lima e l'intero tratto del Serchio. In questi casi è  urgente un piano di risanamento.